Fondée en 1564–65 par le sultan saadien Abdallah al-Ghalib sur le site d'une médersa mérinide antérieure, Ben Youssef accueillit jusqu'à 800 étudiants répartis dans 130 cellules, ce qui en faisait la plus grande médersa d'Afrique du Nord. Fermée comme école en 1960, elle rouvrit comme monument historique ; la dernière restauration l'a rendue au public en avril 2022.